昆明医科大学第二附属医院（以下简称“昆医大附二院”）建院于1952年10月，原名为“昆明市工人医院”。1962年，更名为昆明医学院第二附属医院，2000年挂牌昆明医学院第二临床医学院，2009年和2015年分别加挂云南省泌尿专科医院、云南省肝胆胰外科医院牌子，2012年更名为昆明医科大学第二附属医院。2021年接收云光发展有限公司云光医院，将其更名为昆明医科大学第二附属医院海口医院，形成一院两区的发展模式，进一步拓展了办院空间。建院以来，医院尊崇“明德至善”的院训，倡导家园意识和“关爱生命，情系患者，诚信友爱，和谐发展”的价值观，始终坚持“以人民健康为中心”，为戍卫人民健康，促进云南社会经济发展，维护边疆和谐稳定作出了积极贡献。“十四五”规划明确了医院建设国内知名、辐射南亚东南亚的区域高水医院和医学人才培养中心的奋斗目标。
伴随着共和国的脚步，医院已经走过了70年的历程,目前医院已经发展为科室齐全、人才济济，技术力量雄厚，学科优势突出的集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型省属三级甲等综合性医院。医院是卫生部首批评定的“三级甲等医院”，是“全国百佳医院”及国际紧急救援中心（SOS）网络医院，是云南省首批命名为老年友善医疗机构的医院。是人力资源和社会保障部、全国博士后管理委员会批准认定的博士后科研工作站，是国家脑卒中防治委员会授予的云南省首个“高级卒中中心”单位，是云南省卒中学会（一级学会）主委单位，是云南省化学中毒救治基地、云南省泌尿系统疾病临床医学中心，云南省肝胆胰疾病临床医学中心，云南省重症医学临床医学中心，云南省康复临床医学中心建设基地。是云南省医用高压氧临床质量控制中心、云南省重症医学医疗质量控制中心、云南省普通外科医疗质量控制中心、云南省神经系统疾病医疗质量控制中心、云南省整形美容医疗质量控制中心。
在一辈辈附二院人的奋斗下，如今医院科室齐全，学科优势突出。肝胆胰外科、泌尿、康复医学、烧伤、重症医学、骨科、微创、护理、消化、血液、神经内科等学科，已步入国内、省内领先行列，优势突出。1999年后率先在云南省开展了人同种异体原位肝脏移植、亲体部分肝移植、肝肾联合移植、心脏移植等移植手术，为云南省大器官移植的开展奠定了基础，培养了人才。医院现有开放床位2009张，62个临床和医技科室，2个国家临床重点专科建设项目（重症医学、泌尿外科），16个省级临床重点专科建设项目（护理专业、烧伤专业、神经内科专业、儿科专业、新生儿专业、消化专业、骨科专业、肾病专业、普通外科专业、产科专业、老年病科专业、麻醉专业、检验专业、康复科专业），国家药物临床试验机构（15个专业），云南省继续医学教育基地（18个专业），国家级省域重大疫情救治基地，全科医师临床培训基地和云南省普外基地。全省首家通过卒中中心、胸痛中心、创伤中心、危重孕产妇救治中心、危重新生儿救治中心建设验收评审。目前，医院拥有云南省内第一台第四代Xi达芬奇手术机器人和第一台荧光腹腔镜，通过高端先进医疗设备的技术优势，进一步发挥好优势学科的带动作用，在智能医疗领域刻苦钻研探索，促进诊疗水平的不断提升，在改善患者就医感受、提高医疗服务质量中继续担当作为，更好地为人民群众健康保驾护航。